फिलहाल विदेश में रह रहे 51 वर्षीय नाईक के खिलाफ आतंकवाद और धनशोधन के आरोपों के तहत जांच चल रही है। पड़ोसी बांग्लादेश की राजधानी ढाका में आतंकी हमले के बाद एक जुलाई, 2016 को नाईक देश से बाहर चला गया। बांग्लादेश ने दावा किया था कि हमले में शामिल आतंकवादी नाईक के भाषणों से प्रेरित थे। एनआईए ने 18 नवंबर, 2016 को अपनी मुंबई शाखा में नाईक के खिलाफ यूएपीए कानून और भारतीय दंड संहिता की विभिन्न धाराओं के तहत मामला दर्ज किया था। नाईक के संगठन ‘इस्लामिक रिसर्च फाउंडेशन’ (आईआरएफ) को केंद्रीय गृह मंत्रालय पहले ही गैरकानूनी संगठन घोषित कर चुका है।